能否扣除合作社开具的免税发票

可以的。增值税一般纳税人从农民专业合作社购进的免税农业产品，以农产品销售发票或收购发票上注明的农产品买价和13或11%的扣除率计算抵扣增值税进项税额。

另外，自2017年7月1日起，营业税改征增值税试点期间，纳税人购进用于生产销售或委托受托加工17%税率货物的农产品，以农产品销售发票或收购发票上注明的农产品买价和11%的扣除率计算抵扣增值税进项税额，同时于生产领用当期按简并税率前的扣除率13%与11%之间的差额计算当期可加计扣除的农产品进项税额。

《中华人民共和国个人所得税法》 第二条 下列各项个人所得，应当缴纳个人所得税：

1、工资、薪金所得；

2、劳务报酬所得；

3、稿酬所得；

4、特许权使用费所得；

5、经营所得；

6、利息、股息、红利所得；

7、财产租赁所得；

8、财产转让所得；

9、偶然所得。

居民个人取得前款第一项至第四项所得（以下称综合所得），按纳税年度合并计算个人所得税；非居民个人取得前款第一项至第四项所得，按月或者按次分项计算个人所得税。纳税人取得前款第五项至第九项所得，依照本法规定分别计算个人所得税。